Katalysator für die wirtschaftliche Integration der Türkei in das europäische Wirtschaftsnetzwerk war das 1996 in Kraft getretene Zollabkommen. Die Zollunion ermöglicht der Türkei einen weitreichenden Zugang zum europäischen Binnenmarkt durch die Aufhebung von Zöllen, mengenmäßigen Beschränkungen sowie Quoten. Im Gegenzug sind gewerbliche Erzeugnisse aus den EU-Mitgliedstaaten von Einfuhrzöllen und Abgaben gleicher Wirkung in der Türkei befreit.
Das Abkommen beschränkt sich zunächst auf alle Industriegüter und bestimmte verarbeitete landwirtschaftliche Erzeugnisse. Von der Vereinbarung ausgenommen sind Kohle, Stahl, landwirtschaftliche Produkte, Dienstleistungen und öffentliche Aufträge.
Obwohl die meisten Agrarprodukte von der Zollunion ausgenommen sind, unterliegen viele Agrarprodukte präferentiellen Handelsregeln, die in diversen Verhandlungsrunden erweitert wurden. Im Beschluss über die Durchführung der EU-Türkei Zollunion sind nur allgemeine Absichtserklärungen für eine weitergehende Liberalisierung des Agrarhandels enthalten. So steht in Art. 26: „die Gemeinschaft und die Türkei verbessern zum beiderseitigen Vorteil schrittweise die Präferenzregelung, die sie einander im Handel mit landwirtschaftlichen Erzeugnissen gewähren” (Amtsblatt der Europäischen Gemeinschaften, 1996). Es stellt sich für beide Parteien die Frage, mit welchem Nachdruck sie die Liberalisierung des Agrarhandels vorantreiben sollen. Informationsgrundlage zur Klärung der Frage muss eine präzise Analyse der Auswirkungen einer Agrarmarktintegration auf die beteiligten Gruppen sein. Dieser Untersuchungsgegenstand ist von einer EU-Vollmitgliedschaft der Türkei deutlich zu unterscheiden, da in diesem Falle ein Großteil der Kosten der türkischen Agrarpolitik aus dem EU-Haushalt getragen und die Türkei nicht nur das Außenhandelsregime, sondern auch die gesamte Gemeinsame Agrarpolitik (GAP) übernehmen werden würde (Grethe, 2004).
Das bilaterale Vertragswerk hatte von Anfang an das Ziel, die Integration der Türkei mit den europäischen Staaten zu erleichtern und zeitgleich die Wirtschaftsbeziehungen mittels der Zollunion zu vertiefen. Dieser Umstand ist die Besonderheit an der Zollunion mit der Türkei. Üblicherweise verhält es sich anders herum, sodass die Beitrittskandidaten zuerst ein Vollmitglied werden. Die Mitgliedschaft der Türkei in der Zollunion wird von politischen Entscheidungsträgern als Zwischenschritt zur EU-Vollmitgliedschaft angesehen. Der Beitritt in die Zollunion hatte einen stetigen Anstieg des Güterhandels und eine intensive Vernetzung der türkischen Industrie mit der europäischen Wirtschaft zur Folge.
Allerdings gibt die Türkei als Mitglied der Zollunion ihre handelspolitische Souveränität an die EU ab und muss die Handelspolitik der EU in den betroffenen Industrien übernehmen. Da die Türkei jedoch kein Mitglied der EU ist, hat sie auch keine praktische Mitwirkung an der Handelspolitik und auch keine Repräsentation in den relevanten exekutiven Institutionen.
Praktisch bedeutet die Mitgliedschaft in der Zollunion für die Türkei, dass sie einen gemeinsamen Außenzoll mit der EU gegenüber Drittstaaten setzt und dafür mit den EU 28 Ländern freien Güterhandel erhält. Jedoch bedingt das Abkommen auch, dass zukünftige Freihandelsabkommen zwischen der EU und Drittstaaten von der Türkei anerkannt werden und die Türkei den neuen Freihandelspartnern der EU auch Zugang zu ihrem heimischen Markt gewährleistet. Da die Türkei jedoch kein EU-Vollmitglied ist, hat sie im Gegenzug keinen Anspruch auf denselben freien Marktzugang der Drittstaaten sowie kein Mitspracherecht bei den Verhandlungen von neuen Freihandelsabkommen.
Die gesetzliche Grundlage der dargelegten Rechte und Pflichten der Türkei innerhalb der Zollunion werden durch den BESCHLUSS Nr. 1/95 DES ASSOZIATIONSRATES EG-TÜRKEI vom 22. Dezember 1995 über die Durchführung der Endphase der Zollunion (96/142/EG) geregelt.
Artikel 13 formuliert die gemeinsamen Zolltarife und Zollpräferenzen:
(1) Mit Inkrafttreten dieses Beschlusses gleicht die Türkei ihren Zolltarif gegenüber den Ländern, die nicht Mitgliedstaaten der Gemeinschaft sind, dem Gemeinsamen Zolltarif an.
(2) Die Türkei passt ihren Zolltarif an, wenn dies infolge von Änderungen des Gemeinsamen Zolltarifs erforderlich ist.
Artikel 16 regelt die Anerkennung von Zollpräferenzen gegenüber Drittstaaten:
(1) Um ihre Handelspolitik auf die der Gemeinschaft abzustimmen, gleicht die Türkei ihre Zollpräferenzregelung binnen fünf Jahren nach Inkrafttreten dieses Beschlusses schrittweise an die der Gemeinschaft an. Diese Angleichung betrifft sowohl die autonomen Regelungen als auch die Präferenzabkommen mit Drittländern. Die Türkei trifft zu diesem Zweck die erforderlichen Maßnahmen und handelt Abkommen auf der Grundlage des beiderseitigen Vorteils mit den betreffenden Ländern aus. Der Assoziationsrat überprüft regelmäßig die erzielten Fortschritte.